「優秀な人材に入ってもらいたいが、いまは十分な給料を出せない」。 「将来会社が成長したときの利益を、いっしょに頑張ってくれる人と分け合いたい」。
成長をめざす会社で、こうした思いから検討されるのが ストックオプション です。役員や従業員に「将来、決められた価格で自社の株式を買える権利」を渡しておく仕組みで、会社が成長して株価が上がれば、その人は安い価格で株式を取得して大きな利益を得られます。
このストックオプションは、会社法では 新株予約権（しんかぶよやくけん） という制度を使って発行します。そして、新株予約権を発行したときは 登記（会社の登記簿の書き換え）が必要 です。
この記事では、ストックオプション＝新株予約権を発行するときの「決め方」「手続きの流れ」「登記と費用」を、経営者・起業を考えている方向けに整理します。
ストックオプションと「新株予約権」の関係
まず言葉を整理します。
- 新株予約権……会社に対して「行使すれば株式の交付を受けられる権利」のこと（会社法2条21号）。会社法という法律に定められた正式な制度です。
- ストックオプション……新株予約権のうち、役員や従業員に対して、報酬やインセンティブ（やる気を引き出す仕組み）として発行するもの を指す、ビジネス上の呼び名です。
つまり、「ストックオプションを出す」というのは、法律的には「新株予約権を発行する」ことにほかなりません。手続きや登記のルールは、会社法の新株予約権の規定に従います。
増資（募集株式の発行）との違い 増資は、その場で株式を発行して出資金（払込金）を受け取り、すぐに資本金が増えます。 新株予約権は、いますぐ株式が増えるわけではありません。「あとで株式を買える権利」を先に渡しておく ものです。権利を持つ人が実際にその権利を使う（行使する）と、はじめて株式が発行され、資本金が増えます。
発行の流れ──「誰が決めるか」が会社のタイプで変わる
新株予約権を発行するときの大きな流れは、次のとおりです。
- 募集事項を決める（何個発行するか、いくらで発行するか、いつまでに払い込むか、どんな条件で株式を買えるか など）
- 割り当てる相手を決める（誰に何個渡すか）
- 必要なら払込み（有償の場合）
- 登記をする
このうち最初の「誰が募集事項を決めるか」は、会社のタイプによって変わります。ここが新株予約権の手続きでいちばん間違えやすいところです。
| 会社のタイプ | 募集事項を決める機関（原則） |
|---|---|
| 株式の譲渡に会社の承認がいる会社（非公開会社＝多くの中小企業） | 株主総会の特別決議（会社法238条2項・309条2項6号） |
| 株式を自由に譲渡できる会社（公開会社） | 取締役会の決議（会社法240条1項） |
「公開会社」は上場会社のことではありません 会社法でいう「公開会社」とは、発行する株式の全部または一部を、会社の承認なしに自由に売買できる会社 のことです（会社法2条5号）。上場しているかどうかとは関係ありません。多くの中小企業は「すべての株式に譲渡制限がついている＝非公開会社」なので、新株予約権の発行には 株主総会の特別決議 が必要になります。
「特に有利な条件」で出すときは、さらに説明と決議が必要
役員・従業員に渡すストックオプションは、無償（タダ）だったり、ごく低い価格で発行したりすることがよくあります。このように 発行の条件が引受人にとって特に有利 な場合は、公開会社であっても 株主総会の特別決議 が必要で、取締役は「なぜその条件で発行するのか」を株主に説明しなければなりません（会社法238条3項）。
「特に有利かどうか」は、その時点の株式の価値などをもとに判断する財務的・専門的な評価が必要になります。会社ごとに結論が変わる繊細な論点 ですので、自己判断せず、専門家に相談しながら進めるのが安全です。
新株予約権を発行したら登記が必要
新株予約権を発行すると、その内容は 会社の登記簿に記録されます（会社法911条3項12号）。発行の効力が生じたら、原則として 2週間以内に変更登記を申請 しなければなりません（会社法915条1項）。
登記簿には、たとえば次のような事項が記録されます。
- 新株予約権の数
- 新株予約権の目的である株式の種類と数（行使すると何株もらえるか）
- 権利を行使するときに払い込む金額（行使価額）
- 権利を行使できる期間
登記を忘れると過料（かりょう）のおそれ 2週間の期限内に登記をしないと、代表者個人に対して 過料（行政上の制裁金）が科されることがあります（会社法976条1号）。「権利を渡して終わり」ではなく、登記までがワンセットだと考えてください。
登記の費用（登録免許税）
新株予約権の発行による変更登記には、登録免許税 という税金がかかります。金額は 申請1件につき9万円（登録免許税法 別表第一24号(1)ヌ）とされています。
なお、この記事の税額・条文番号は執筆時点の制度に基づくものです。最新の税額・適用条文は、実際の申請前にお近くの司法書士または法務局でご確認ください。
進める前に知っておきたい3つの注意点
① 「税金が優遇される類型」があります（税務は税理士へ）
ストックオプションには、一定の要件を満たすと 税制上の優遇を受けられる類型（いわゆる税制適格ストックオプション）があります。要件を満たすかどうか、どのような課税になるかは、会社や受け取る人ごとの個別判断 が必要で、税理士の専門領域です。
なお、この税制適格の要件は 近年たびたび見直されています（年間の権利行使価額の上限の引き上げなど）。優遇を受けたい場合は、発行を設計する段階で、最新のルールを税理士に確認しておく ことが大切です。
設計の入口の段階から税理士に相談しておくと、「発行してから税金面の要件を満たしていないことに気づく」といった事態を避けられます。税金の取り扱いについては、必ず税理士にご相談ください。
② 既存株主とのトラブルは弁護士へ
新株予約権を発行し、将来それが行使されると、発行済みの株式数が増えて 既存株主の持株比率が下がる（希釈化＝きしゃくか）ことがあります。発行の条件や量をめぐって既存株主と意見が対立するなど、当事者間の紛争にかかわる事柄は弁護士の領域 です。
③ 設計（条件決め）は早めに専門家と
新株予約権は、「いつまでに・いくらで・どんな条件で行使できるか」といった 設計の自由度が高い 制度です。その分、決めるべき項目が多く、あとから変更するのは簡単ではありません。発行を考え始めた段階で、司法書士・税理士などの専門家を交えて設計するのがおすすめです。
まとめ
- ストックオプションは、会社法の 新株予約権 という制度を使って発行する。
- 募集事項を 誰が決めるか は会社のタイプで変わる（非公開会社＝株主総会の特別決議／公開会社＝取締役会）。特に有利な条件で出すときは株主総会の特別決議と説明が必要。
- 発行したら 2週間以内に変更登記 が必要。忘れると過料のおそれ。
- 税金の優遇要件・課税は税理士、株主間の紛争は弁護士 と、専門分野を分けて相談する。
ストックオプションは、人材の確保や会社の成長と密接にかかわる、前向きな制度です。手続きや登記、税務がからむため、発行を検討する際は お近くの司法書士や税理士にご相談ください。
【さらに深掘り】募集新株予約権の発行手続きと登記実務
ご注意 以下は執筆時点（2026年6月）の法令・通達・実務運用に基づく一般的な解説です。個別事情により判断が分かれる論点を含みます。実務適用は最新情報と個別事情を踏まえ、お近くの司法書士にご相談ください。
ここからは、新株予約権をインセンティブ目的（ストックオプション）として発行する場面を中心に、中小企業（株式に譲渡制限のある非公開会社）を想定して、発行から登記までの手順を実務目線で整理します。
1. 募集事項として「何を決めるか」（会社法238条1項・236条1項）
新株予約権の発行は、まず 募集事項を決める ところから始まります。決めるべき主な事項は次のとおりです。
- 募集新株予約権の 数
- 募集新株予約権と引換えに払い込む 金額（払込金額）またはその算定方法（無償で発行するときは「無償とする」旨）
- 割当日（この日に引受人が新株予約権者になります）
- 払込みをする場合の 払込期日
- 新株予約権の 内容（会社法236条1項）。具体的には、行使すると交付される株式の種類と数、権利行使時に払い込む金額（行使価額）、権利を行使できる期間、譲渡に会社の承認を要するか、などです。
ストックオプションでは、行使価額・行使期間・「在職中であること」などの行使条件をどう設計するかが核心になります。設計の自由度が高い反面、いったん登記された内容を後から変えるのは手間がかかるため、最初の設計が重要 です。
2. 決定機関と「委任」（会社法238条2項・239条・240条1項）
- 非公開会社（多くの中小企業）……募集事項は 株主総会の特別決議 で決めます（238条2項、309条2項6号）。
- 公開会社……原則として 取締役会の決議 で決めます（240条1項）。
非公開会社でも、株主総会の特別決議で「募集事項の決定を取締役（取締役会設置会社では取締役会）に委任する」ことができます（会社法239条）。この場合、委任できるのは 新株予約権の数の上限 と 払込金額の下限 などを株主総会で定めた範囲に限られ、委任の効力は原則として 決議から1年以内 です。複数回に分けて機動的に発行したいときに使われます。
3. 割当て・総数引受契約（会社法242条〜244条）
引受希望者から申込みを受けて会社が割当てを決める方法（242条・243条）のほか、引き受ける相手が決まっている場合は 総数引受契約（244条）で申込み・割当ての手続きを一度にまとめることもできます。ストックオプションは渡す相手があらかじめ決まっていることが多いため、総数引受契約を用いる例が目立ちます。
ただし、譲渡制限が付いた新株予約権（行使により譲渡制限株式が交付されるものなど）を割り当てる場合や、総数引受契約による場合は、株主総会（取締役会設置会社では取締役会）の承認 が必要です（243条2項・244条3項）。ここを飛ばすと割当て自体が有効に進みません。
4. 払込み（会社法246条）
有償で発行する場合、引受人は 権利行使期間の初日の前日（払込期日を定めたときはその日）までに払込金額の全額 を払い込みます（246条1項）。無償で発行するストックオプションでは、この発行時の払込みはありません（行使するときに行使価額を払い込みます）。
5. 登記（会社法911条3項12号・915条1項）
新株予約権は、原則として 割当日に効力が生じます。効力発生日から 2週間以内 に、本店所在地で 変更登記 を申請します（915条1項）。登記簿に記録される主な事項は次のとおりです（911条3項12号）。
- 新株予約権の数
- 新株予約権の目的である株式の種類・数
- 行使に際して出資される財産の価額またはその算定方法（行使価額）
- 権利を行使することができる期間
- （無償発行など）払込みを要しないこととするときはその旨
6. 主な添付書面（商業登記法・商業登記規則）
事案により異なりますが、非公開会社が株主総会決議で発行する場合の代表的な添付書面は次のとおりです。
- 募集事項を決定した 株主総会議事録（委任した場合は委任の株主総会議事録＋委任を受けた取締役会議事録等）
- 株主リスト（株主総会の決議を要する場合。商業登記規則61条3項）
- 申込みを証する書面、または 総数引受契約書
- 割当てを決定したことを証する書面（割当てに承認決議を要する場合の議事録等）
- 有償発行で払込期日を定めたときは、払込みがあったことを証する書面
7. 登録免許税（登録免許税法 別表第一24号(1)ヌ）
新株予約権の発行による変更登記の登録免許税は、申請1件につき9万円 とされています（別表第一24号(1)ヌ）。同じ申請書で他の登記事項もあわせて申請する場合は区分ごとの合算になることがあるため、申請前に確認してください。
※ 本記事の条文番号・登録免許税額は執筆時点の制度に基づく一般的な記載です。実際の申請にあたっては、最新の条文・税額をお近くの司法書士または法務局でご確認ください。
8. 「発行して終わり」ではない──行使時にもう一度登記がある
ここで見落とされがちなのが、権利が行使されたときの登記 です。新株予約権が行使されると、その時点で 新たに株式が発行され、資本金の額が増えます。そのため、行使があった分について、あらためて「発行済株式の総数」「資本金の額」「新株予約権の数」の変更登記が必要 になります（行使の日から原則2週間以内。会社法915条1項）。
つまりストックオプションは、
- 発行時の登記（新株予約権を発行したとき）
- 行使時の登記（権利が使われて株式が発行されたとき）
という 2段階で登記が発生する 制度です。発行のときだけ意識して行使後の登記を忘れる例があるので注意が必要です。
専門分野の振り分け
- 税金の取り扱い（いわゆる税制適格ストックオプションの要件該当性、課税のタイミング、有利発行に当たるかの株価評価など）は、税理士 の領域です。設計の入口から相談しておくのが安全です。
- 既存株主との対立・希釈化をめぐる紛争 など、当事者間の争いにかかわる事柄は 弁護士 の領域です。
- 発行手続きや 登記 については、お近くの司法書士 にご相談ください。